Meteorne vode, ki odtekajo s cestišča po padavinah, so lahko dokaj onesnažene, zato bi bilo potrebno zadržati in očistiti vsaj začetne količine najbolj onesnažene odtočne vode. Gradnja novih odlagališč na krasu je prepovedana. Obstoječa bo potrebno zapreti, še naprej pa bo treba spremljati tudi njihov vpliv na kakovost podzemnih voda. Pri načrtovanju monitoringa kakovosti je potrebno upoštevati dinamiko pretakanja vode in prenosa snovi v krasu.

V kraškem podzemlju živijo številne živali, ki so prilagojene na življenje v tem ekstremnem okolju. Zaradi onesnaževanja voda ter fizičnih posegov v prostor je njihov obstoj velikokrat ogrožen. Posledice nenadzorovanega jamskega turizma in nepremišljeno zgrajene turistične infrastrukture prinesejo trajno spremenjene ekološke pogoje, ki lahko nepopravljivo škodljivo vplivajo na populacije jamskih organizmov.