Podane so fizikalne, kemijske, bakteriološke in biološke metode določevanja kakovostnega stanja voda. Na zajetih kraških izvirih se celovit monitoring izvaja le do 4-krat letno, zelo skromen pa je nabor merjenih parametrov pri rednih mesečnih preiskavah. Podrobnejši monitoring izbranih parametrov, ki lahko poda podrobno dinamiko in razsežnost prenosa morebitnih kontaminantov ter oceno vodnega ekosistema, se izvaja le nesistematično in v okviru posebnih projektov.