Kakovostni monitoring zajema povezavo med kemijskim pristopom s fizikalno-kemijskimi analizami in biološkim pristopom, ko s pomočjo bioindikatorjev ocenjujemo ekološko stanje vodnega telesa. Osnovni monitoring kakovosti podzemnih voda, ki ga v Sloveniji opravljamo skladno z zakonodajo Evropske skupnosti, bi bilo pri kraških izvirih smiselno dopolnjevati s podrobnim spremljanjem kakovosti v vodnih valovih po padavinah.