V nekaterih primerih se zaradi naravnega procesa ali antropogenega vpliva zgodi ireverzibilna sprememba v jami. Takšen primer je postavitev asfaltiranega parkirišča nad jamo. Jama postane izolirana od zunanjega okolja, saj je vertikalen prenos vode onemogočen. Ker ni več prenikle vode, se siga v tem delu jame ne odlaga več in rast kapnikov se posledično zaustavi. Neposreden, hiter in koncentriran vtok vode iz parkirišča v podzemlje tudi vpliva na rast kapnikov. Odtok komunalnih voda mora biti ustrezno rešen. Vendar na drugi strani lahko s povišanim vnosom vode nasičene s CO2 vplivamo na hitrost odlaganja sige. To se lahko doseže s pogozdovanjem degradiranega območja nad jamo. Izsekavanje gozda nad jamo ima na odlaganje sige nasproten učinek.
Večji posegi nad jamo imajo lahko daljnosežne posledice. Spreminjanje površja lahko spremeni kemično pot prenikle vode in s tem režim odlaganja sige. Prenasičena voda lahko postane agresivna; tudi v slovenskih jamah poznamo veliko primerov, ko voda, ki je v preteklosti odlagala sigo, to sigo sedaj raztaplja. Vzroki za to so lahko naravni procesi ali človekovi posegi. Predvsem v tujini poznamo primere oživljanja kapnikov v turističnih jamah s curki vode, ki v izbranem jamskem okolju izloča kalcit. Odločitev za tak poseg mora biti dobro premišljena, sam poseg pa pod strogim nadzorom, saj lahko z napačnimi ukrepi kapniku naredimo več škode kot koristi.
Podobno kot za pohodne površine izven jame je treba najti rešitev za pohodne površine v jami, kajti nepropustne pohodne površine v jami lahko spremenijo naravni tok vode, povzročijo sušenje kapnikov ter povečajo transport sedimenta. V jami je smiselno uporabiti za pohodne površine propustne materiale, ki omogočajo naravni tok vode v jami. Če se v podzemeljskem toku reke pojavijo ovire, ki so posledice človekovega posega in preprečujejo naravni pretok, jih je treba odstraniti.
Če se izkaže, da je nosilnost jame presežena in da prihaja do nižanja zračne vlage, višanja deleža CO2 v zraku in prevelikih količin prahu v zraku, je treba ukrepati. Visok delež CO2 v jamski atmosferi namreč lahko spremeni kemično ravnovesje v kapnikih, kar vodi v postopno razpadanje struktur; prihaja do razpadanja sige tudi s hitrostjo 0,3 mm na leto ali več. V jami je treba čimprej vzpostaviti prvotno naravno stanje in prvotni način kroženja zraka. Uporaba premočnih svetil za osvetljevanje jamskega okrasja spreminja naravo kapnikov. Poznan je primer iz jame Castellana (Italija), kjer je na razdalji 50 cm od 1000 W žarnice mreža aragonitnih kristalov začela preraščati kalcitni stalaktit.
